קובץ נתונים של חלבון (PDB) הוא פורמט קובץ המשמש לאחסון נתונים ביולוגיים תלת מימדיים. קבצי PDB משמשים בדרך כלל לאחסון נתונים על חלבונים, חומצות גרעין וביומולקולות אחרות. ניתן לצפות בקבצי PDB במגוון דרכים, כולל באמצעות תוכנות כגון PyMOL ו-VMD. ב-Windows 11, אתה יכול לפתוח קובץ PDB על ידי מעבר לסייר הקבצים, לחיצה על הכרטיסייה תצוגה ולאחר מכן בחירה באפשרות להציג קבצים ותיקיות מוסתרים. לאחר שעשית זאת, אתה אמור להיות מסוגל לאתר את קובץ ה-PDB שברצונך להציג. קבצי PDB הם כלי חשוב עבור מדענים העובדים עם ביומולקולות, מכיוון שהם מאפשרים הדמיה וניתוח של נתונים בתלת מימד. ההבנה כיצד לפתוח ולהציג קבצי PDB היא אפוא מיומנות חשובה לכל מי שעובד בתחום הביואינפורמטיקה או הביולוגיה החישובית.
קבצי חלבון נתונים (PDB). הם קבצים מולקולריים תלת מימדיים המאחסנים מבנים מולקולריים. עכשיו, אם אתה תוהה איך לפתוח קבצים כאלה במחשב, הפוסט הזה יעניין אותך. כאן נדון בקובצי PDB בפירוט וכיצד להציג קבצים כאלה ב-Windows 11/10. אז, ללא עיכובים נוספים, בואו נבדוק את זה!
מהו קובץ חלבון נתונים (PDB)?
בנק נתונים חלבונים (PDB) הוא מסד נתונים של נתונים מבניים תלת מימדיים עבור חלבונים, חומצות גרעין ומולקולות גדולות אחרות. קובץ מ תמ'ג סיומת הקובץ היא בעצם קובץ המכיל נתונים הקשורים למבנה של מולקולה ביולוגית תלת מימדית. הנתונים כוללים קואורדינטות אטומיות, מבנים אטומיים, קישוריות אטומית, מבנה חלבון, מבנה חומצת גרעין ועוד. הוא מכיל גם מטא נתונים ניסיוניים.
פורמט קובץ זה נמצא בשימוש נרחב בביואינפורמטיקה להחלפת קואורדינטות חלבון. הוא מכיל אלפי שורות המתארות את המבנה של חלבון. כעת, אם אתה רוצה לקרוא או להציג קבצי PDB במחשב Windows, עליך להשתמש בכלי ייעודי של צד שלישי מכיוון שאין אפליקציה מקורית לכך. בפוסט זה, נדון בדרכים שונות להציג קובץ PDB ב-Windows 11/10.
כיצד להציג קובץ Protein Data Bank (PDB) ב-Windows 11?
ישנן שתי דרכים להציג את קובץ הנתונים של חלבון (PDB) ב-Windows 11/10, כלומר:
- השתמש בתוכנה חינמית לצפייה בקבצי PDB.
- נסה כלי מקוון בחינם לקריאת קבצי PDB.
1] השתמש בתוכנה חינמית כדי להציג קבצי PDB.
אתה יכול להשתמש בתוכנת Windows של צד שלישי המאפשרת לך לפתוח ולהציג קבצי PDB. ישנן מספר אפליקציות שולחן עבודה חינמיות זמינות עבור Windows שתוכל לנסות. הנה כמה טובים שתוכלו להשתמש בהם:
- IQmol
- Swiss-PdbViewer
- קומול
- מולקולה
- ראסמול
א] IKmol
IQmol היא תוכנת עורך מולקולרית ויזואליזציה חינמית ופתוח עבור Windows 11/10. באמצעותו, תוכלו לצפות ב-PDB וכן בקבצי מולקולות תלת-ממדיים אחרים כמו MOL, SMI, CUBE, XYZ וכו'. בתוכנה זו תוכלו למצוא את כל כלי ההדמיה המולקולרית החשובים. כלים אלה נעים בין בסיסי למתקדמים. בנוסף לצפייה בקובץ PDB, ניתן גם לערוך את המבנה המולקולרי.
זה מאפשר לך לפתוח מספר קבצי PDB בו-זמנית ולהציג את כולם בו-זמנית. בחלונית Model View, תוכל להפעיל או לבטל את העיבוד של קובץ PDB אחד או יותר.
המאפיינים העיקריים של IQmol:
התכונות של מציג קבצי PDB בחינם ופתוח זה שאתה יכול לבדוק הן:
- אתה יכול למצוא את כל כלי הגלישה הסטנדרטיים בקבצים, כולל הגדלה/התקרבות (עם גלגל עכבר), הזזה, סיבוב, מסך מלא, תצוגת איפוס, הצגת צירים וכו'.
- זה מאפשר לך להתאים אישית את המראה של הדגם על ידי עריכת פרמטרים כגון הצללה, אור סביבה, דיפוזיה, חוזק ערפל, הבהרה, עוצמת רעש, פרמטרים של POV-Ray וכו'.
- אתה יכול גם להוסיף תוויות אטומיות כגון מסת אטום, מטען חלקי, NMR, צפיפות ספין וכו'.
- זה מאפשר לך להתאים אישית את הגדרות המצלמה לטעמך. ניתן להתאים הקרנת מצלמה, מיקום וכו'.
- יש נוח סיבוב אוטומטי פונקציה המאפשרת לך לסובב אוטומטית את המודל המולקולרי.
- אתה יכול לשמור את ייצוג מבנה החלבון הנוכחי בפורמט תמונה כגון PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS וכו'.
- זה גם מאפשר לך להמיר PDB לקבצי מולקולה אחרים באמצעות התכונה 'שמור בשם'. פורמטי פלט נתמכים: XYZ, MOL, MOL2, CML וכו'.
- אתה יכול גם להשתמש בו תַחשִׁיב פונקציות לחישוב אנרגיה של מבנה מולקולרי, כוחות, סריקת PES, מצב מעבר, שינויים כימיים, גיאומטריה, אנרגיית פירוק, תיקון BSSE, וכולי.
בנוסף לפונקציות הצפייה, אתה מקבל תפריט Build מיוחד עם קבוצה של פונקציות בנייה מולקולרית. תכונות אלו כוללות הוספת אטומים חדשים, הכנסת מולקולות חדשות, מזעור מבנה, קביעת איזוטופים ועוד.
זוהי תוכנת דוגמנות מולקולרית ממש טובה שבעזרתה אתה יכול לדמיין קבצי Protein Data Bank במחשב האישי שלך. אם אתה אוהב את זה, הורד מכאן .
לִרְאוֹת: Chem4Word הוא תוסף כימיה עבור Microsoft Word. .
ב] Swiss-PdbViewer
Swiss-PdbViewer הוא מציג קבצי PDB חינמי מיוחד עבור Windows 11/10. זה מאפשר לך לדמיין ולנתח כמה מבני חלבון בו זמנית. ניתן לנתח את מבנה החלבון, מבנה ה-DNA וכו' הכלולים בקובץ PDB. מלבד קובץ PDB, הוא גם מאפשר לך לפתוח ולצפות בקבצי MOL ו-MMCIF.
כאשר אתה פותח קובץ PDB, תצוגת 3D מוצגת בממשק יחד עם חלון לוח בקרה. לוח הבקרה מכיל מידע כללי, רשימה וכותרת קובץ. אתה יכול בקלות להזיז את המבנה, לסובב אותו, להתקרב/להקטין וכו'.
זה גם מאפשר לך להציג או להסתיר את משטח הנקודה, הבסיס, קשרי המימן, וקטורי הכוח ועוד בהתאם להעדפותיך. אתה יכול גם להדגיש חלקים שונים עם ערכות צבעים שונות כדי לנתח טוב יותר את המבנה. בנוסף, ניתן להשתמש בתכונות תצוגה כגון Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels ועוד.
בנוסף לכלי הדמיה, אתה מקבל גם הרבה תכונות של דוגמנות מולקולרית. בנוסף, הוא כולל גם חישוב אנרגיה, חישוב H-bond, ניתוח תחום, זיהוי תחום, יצירת מוטיבים תלת מימדיים, בניית סימטריה קריסטלוגרפית וכלים נוספים.
אתה יכול להוריד את זה מ אתר רשמי .
לקרוא: תוכנת ניתוח הספק החינמית הטובה ביותר עבור Windows 11/10.
ג] קמול
קומול הוא מציג PDB חינמי נוסף עבור Windows 11/10. זהו כלי להדמיית מבנה מקרו-מולקולרי שבאמצעותו ניתן להציג קבצי PDB. קבצים נוספים שתוכלו לפתוח ולהציג בו הם DX, MAP, MTZ, CNS וכו'.
זה מאפשר לך לעבור בין פרספקטיבה ותצוגות אורתוגרפיות, לסובב את המודל, להגדיל/להרחיק וכו'. אתה יכול לרנדר את המודל באמצעות POV-Ray ושיטות עיבוד האנימציה שלו. ניתן לשמור את המבנה המעובד בפורמט PNG. זמין גם כלי מדידה המאפשר למדוד מרחק, זווית ופיתול בדגם.
אתה יכול גם למצוא כמה כלים נוספים לניתוח נוסף של מבנה החלבון. כלים אלה כוללים סופרפוזיציה מולקולרית, חותך משטח מול, יצירת משטח מול, עורך קשר מול, ניתוח אינטראקציה, אנימציית מול מורפה, וכולי.
זוהי תוכנה טובה להמחיש ולנתח את מבנה החלבון הקיים בקבצי PDB.
לִרְאוֹת: אפשרות .LIT # כיצד להמיר LIT ל-EPUB או MOBI ב-Windows?
windows מסיר התקנה של התקן זה. קוד 21
ד] מולקולות
תוכנת הצופה PDB הבאה ברשימה זו היא Molekel. זוהי תוכנת הדמיה מולקולרית ישנה למדי אך חזקה המאפשרת לך לפתוח ולצפות בקבצי PDB. ניתן למצוא כלי הדמיה וניתוח מולקולריים רבים המאפשרים לנתח מבני חלבון.
זה מאפשר לך להתאים אישית את התצוגה של מולקולות, אטומים, קשרים, שאריות וכו'. אתה יכול לבחור סוגי תצוגה שונים עבור כל אחד מהם, כגון Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, צילינדר, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Linear Tape וכו'. בנוסף, אתה יכול להתאים את המאפיינים של תצוגת 3D, להציג/להסתיר תיבות תוחמות, להשתמש בהצללות וכו'. זה מאפשר לך לצפות בקובץ PDB על ידי שינוי צפיפות האלקטרונים של פני השטח של המבנה והוספת משטח זמין לממס, למבנה.
אתה יכול למצוא אנימציה פונקציה בו לשחק את ההנפשה של מבנה המולקולה. יש לו גם תפריט 'ניתוח' מיוחד עם כלים מתאימים. באמצעות כלי ניתוח, ניתן לקבוע נתוני רשת, צפיפות סיבוב, פוטנציאל אלקטרוסטטי מולקולרי, ספקטרום פליטה, מרחק, זווית ועוד עבור מבנה.
זה גם מאפשר לך להמיר קבצי PDB לפורמטים שונים של קבצים. פורמטים אלה כוללים PDF, PS, EPS ותמונה. אם אתה אוהב את זה אתה יכול להשיג את זה כאן .
לקרוא: אפליקציית Anatomy Complete היא הורדה ראויה עבור Windows. .
ה] רסמול
אתה יכול גם להשתמש ב- RasMol כדי להציג קבצי PDB ב- Windows 11/10. זוהי תוכנת קוד פתוח בחינם המאפשרת לך לדמיין ולנתח מבנים מולקולריים. זה גם תומך בפתיחה ובצפייה בקבצים אחרים כמו MOL, XYZ, CIF, MOPAC וכו '.
זה מאפשר לך לראות את המבנה כמסגרת, עיוות, מוטות, סרטים, גדילים וכו '. אתה יכול גם להדגיש חלקים שונים של המבנה עם צבעים שונים. זה גם מאפשר לך להציג או להסתיר אטומי מימן, הטרואטומים, צללים, תוויות וכו' בהתאם להעדפותיך. אתה יכול גם למדוד מרחק, פיתול, זווית וערכים אחרים במבנה.
תוכנה זו זמינה כאן .
לִרְאוֹת: תוכנת האנטומיה האנושית התלת-ממדית הטובה ביותר בחינם עבור Windows.
2] נסה כלי מקוון בחינם לקריאת קבצי PDB.
אתה יכול גם להשתמש בכלי מקוון בחינם כדי לפתוח ולהציג קבצי PDB. כל שעליכם לעשות הוא לפתוח את האתר בדפדפן אינטרנט ולהוריד את קובץ ה-PDB כדי לצפות בו. הנה כמה צופי PDB מקוונים טובים בחינם שתוכלו לנסות:
- RCSB PDB
- מולסופט
א] RCSB PDB
שורת פקודה למצוא קובץ
אתה יכול להשתמש בכלי המקוון החינמי הזה שנקרא RCSB PDB כדי להמחיש קבצי בנק נתונים של חלבון. זה מאפשר לך לייבא קובץ PDB ולאחר מכן לדמיין ולנתח את המבנה המולקולרי שלו.
אתה יכול למצוא כמה תכונות הדמיה בסיסיות כמו זום, סיבוב, החלפת מצב תצוגת יציאה מתקדמת, איפוס מצלמה, החלפת מצב בחירה וכו'. זה גם מאפשר לך להתאים כמה הגדרות או אפשרויות שליטה כמו מצב מצלמה (פרספקטיבה או אורתוגרפית), צבע רקע, על /כבוי. השבת חסימה, הפעל/השבת ערפל, גזירה, מיקום וכו'.
זה בא עם לְהַנפִּישׁ פוּנקצִיָה. באמצעות זה, אתה יכול לסובב אוטומטית את מבנה החלבון. בעזרת זה, אתה יכול להתאים את מהירות הסיבוב והזווית. אתה מקבל גם ייעודי מדידה כלי בו. באמצעות כלי זה, אתה יכול לגלות ערכים מרובים כגון מרחק, כיוון, זווית ועוד.
בנוסף לתכונות אלו, זמינים מספר כלים שימושיים נוספים: חיפוש מוטיבים של מבנה, הוספת רכיבים, ייצוא אנימציה, ייצוא גיאומטריה (STL, OBJ וכו') ויצוא מודלים.
בסך הכל, זהו מציג PDB מקוון חינמי וטוב באמת עם סט נהדר של כלי הדמיה. אתה יכול לנסות כאן .
ב] מולסופט
Molsoft הוא כלי מקוון נוסף שניתן להשתמש בו כדי להמחיש מבני PDB. זהו מציג קבצי PDB פשוט עם תכונות בסיסיות. ראשית, פתח אותו אתר אינטרנט ולחץ על אפשרות תפריט שלושת הנתיבים. לאחר מכן, בחר באפשרות 'פתח' כדי לייבא קובץ PDB שנשמר מקומית או להעלות קובץ מ-Google Drive שלך. כאשר אתה בוחר קובץ, הוא יראה לך את המבנה המולקולרי בצופה.
אתה יכול להשתמש במצבי תצוגה שונים כדי לדמיין את המבנה. תצוגות אלו כוללות מסגרת תיל, קריאטין פוספוקינאז (CPK), כדור ומוט, סרט ועוד. אתה יכול לעבור בקלות בין מצבי תצוגה אלה כדי להתאים לדרישות שלך. בנוסף, זה מאפשר לך להפעיל או להשבית תוויות אטומים, תוויות שאריות, קשרי מימן ואתרים להבנה טובה יותר של המבנה.
זה גם מספק כלי מדידה. ניתן למדוד מרחק, זווית שטוחה וזווית פיתול בדגם. בנוסף, זמינה פונקציית Color by שימושית, המאפשרת לך לצבוע את המבנה לפי סוג אטום, שרשרת, יישור, מבנה משני וכו'.
זהו עוד מציג קבצי PDB מקוון טוב שתוכל לנסות בחינם.
איך מורידים קובץ PDB מבנק הנתונים חלבון?
להורדת קובץ PDB מבנק נתוני חלבון, ניתן להיכנס לאתר בנק נתונים חלבון, להזין ולחפש את שם החלבון או המקרומולקולה, כגון המוגלובין אנושי, כיטינז וכדומה. לאחר מכן בחר את הקובץ מתוצאות החיפוש ו השתמש באפשרות ההורדה כדי להוריד את קובץ PDB. פשוטו כמשמעו.
כיצד להציג מבני PDB?
ניתן לצפות במבנים מולקולריים של ה-PDB באמצעות כלי מקוון או יישום תוכנה ייעודי. אתה יכול לנסות תוכנות חינמיות כמו IQmol, Swiss-PdbViewer ו- CueMol כדי להמחיש ולנתח מבני PDB במחשב האישי שלך. אם אתה מעדיף להשתמש בכלי מקוון, ישנן אפשרויות רבות. לדוגמה, נסה שירותי אינטרנט כגון RCSB PDB ו-Molsoft. אלו הם מצפי קבצי PDB מקוונים בחינם המספקים כלי הדמיה וניתוח מולקולריים מתקדמים.
כיצד להמיר קובץ PDB ל-PDF?
כדי להמיר קובץ PDB ל-PDF, אתה יכול להשתמש ביישום שולחן העבודה החינמי הזה בשם Molekel. הוא מספק אפשרות מיוחדת 'שמור ל-PDF' המאפשרת לך להמיר את קובץ ה-PDB לפורמט PDF. אתה יכול לפתוח את קובץ ה-PDB ולאחר מכן ללחוץ על 'קובץ' > 'שמור ל-PDF' כדי להמיר PDB ל-PDB. דיברנו על תוכנה זו בפירוט בפוסט זה, בדוק אותה למעלה.
זה הכל.
עכשיו תקרא: תוכנת הדוגמנות המולקולרית הטובה ביותר בחינם עבור Windows.
